O maranhense Clemer iniciou a carreira profissional no Moto Club. Depois passou por Guaratinguetá, Santo André, Catanduvense, Maranhão, novamente Moto Club e Ferroviário-CE, até chegar à possibilidade de disputar a Série A do Brasileirão pelo Remo, em 1994.
O time paraense não repetiu o bom desempenho de 1993, quando terminou o campeonato na 8ª posição, e acabou rebaixado. Clemer foi contratado pelo Goiás em 1995 e fez um bom Campeonato Brasileiro, mesmo o time não fazendo uma campanha das melhores.
Já em 1996, fez parte do histórico time da Portuguesa que chegou à decisão do Campeonato, perdendo para o Grêmio no final da partida. Se transferiu para o Flamengo em 1997, depois da saída de Zé Carlos. Viveu oscilações e irregularidade na meta flamenguista, mas conquistou títulos. A profissionalização de Júlio César colocou Clemer no banco de reservas.
Em 2002, o Internacional contratou o goleiro depois de Carlos Germano não ser aprovado nos exames médicos. Clemer viveu o inferno e o céu no Colorado, sendo o único remanescente do time de 2002 a ser campeão mundial em 2006. Pelo Inter, foram 8 anos de dedicação ao time profissional, mais quatro meses como treinador interino em 2013.
Segue os títulos de Clemer ao longo de sua carreira:
Remo: campeão paraense em 1994 e 1995;
Goiás: campeão goiano em 1996;
Flamengo: campeão carioca em 1999, 2000 e 2001, da Copa Mercosul em 1999 e da Copa dos Campeões em 2001;
Internacional: campeão gaúcho em 2002, 2003, 2004, 2005, 2008 e 2009, da Libertadores em 2006, do Mundial em 2006, da Recopa em 2007, da Sul-americana em 2008 e da Suruga Bank Cup em 2009.
Clemer fez um trabalho excelente com a base do Internacional e é cidadão honorário de Porto Alegre.