Wellington surgiu da base do Brasiliense, mas sua visibilidade ficou evidente nos profissionais do Santos. Esteve no grupo campeão brasileiro em 2002, e vice-campeão brasileiro e da Libertadores em 2003. Na decisão contra o Boca, substituiu Elano. Mas o time santista não foi capaz de evitar uma chapuletada argentina no Morumbi.
Em 2004, o Internacional contratou o jogador no início do ano. A versatilidade do jogador foi o principal chamariz que despertou a atenção dos dirigentes colorados.
O ano começou bem para Wellington. Teve uma atuação impecável em um Gre-Nal válido pelo Gauchão de 2004, quando fez uma assistência perfeita para Nilmar marcar o segundo gol colorado na vitória por 2 a 1, no Olímpico. Wellington também teve atuações excelentes ao longo da Copa Sul-americana e do Brasileirão.
2005 foi um ano de oscilações de Wellington no Internacional. Com Élder Granja e Gavilán fazendo as duas funções, e Ceará ganhando a titularidade na lateral-direita, o jogador teve que amargar a reserva ao longo do ano. Acabou dispensado e foi contratado pelo Juventude em 2006.
A partir daí começou a peregrinação. Israel, Japão, Tailândia, interior paulista e América-MG foram os caminhos trilhados por Wellington ao longo da carreira, que teve um início promissor, porém, meteórico.