O zagueiro Fernando Cardozo começou a carreira profissional no Internacional, no ano de 1999. Sua estréia pelo Colorado foi no amistoso de despedida do Estádio dos Eucaliptos, partida na qual o Inter venceu o Rio Grande por 6 a 2. Zagueiro alto e forte, tinha dificuldades em marcar jogadores de velocidade.
Colorado de coração, foi reserva de Lúcio ao longo de sua trajetória nos profissionais do Inter. Viveu a fase final das vacas magras, mas ganhou a confiança de Zé Mário na reta final da João Havelange. Em 2001, o fraco desempenho do Inter no Gauchão e a contratação de Fábio Luciano colocaram Fernando no banco até o final do Brasileirão.
No ano seguinte, foi emprestado ao Juventude, onde esteve na grande campanha do time caxiense no Brasileirão, terminando a competição nas quartas-de-final. Retornou ao Internacional em 2003, mas não foi tão bem quanto em 2000. Na segunda metade de 2003, foi para Portugal, defender o Nacional. Já em 2008, foi jogar no Marítimo. Ao todo, foram oito anos jogando na Ilha da Madeira.
Em 2011, veio para o Rio Grande do Sul novamente. Seu destino foi Pelotas, sua terra natal. Defendeu o Pelotas em 2011 e 2012, mas suas grandes conquistas na cidade foram pelo lado Xavante. No Brasil, conquistou o título da Segundona do Gauchão em 2013 e o acesso à Série C do Brasileirão nesse ano.